Klášter založil v roce 1373 Albrecht z Kolovrat pro řád augustinánů poustevníků a sám si jej také vyvolil jako místo svého posledního odpočinku. Husitské války klášter celkem přečkal bez úhony, i když zejména majetkově upadal. V letech 1520-23 byl konvent na náklad Václava Bezdružického z Kolovrat opraven. Během 16. století však úpadek pokračoval a největší pohromu přinesla třicetiletá válka. V roce 1631 byl klášter napaden Sasy, vyloupen a pobořen. V letech 1647-48 byl ale konvent opět důkladně opraven a to díky pomoci Jindřich Libštejnského. Počátek 18. století přinesl první velkou přestavbu, kterou vedl významný český barokní stavitel Giovanni Santini. V několika následujících letech přišly velké průtrže mračen, které poškodily budovy natolik, že muselo být rozhodnuto o další přestavbě. Ta byla tentokrát svěřena architektu Kiliánu Ignáci Dietzenhoferovi. Tehdy v roce 1746 byl položen základní kámen k novému kostelu Nanebevzetí Panny Marie. V září 1747 byl dokončen presbytář a 5.4.1750 byl kostel vysvěcen. Věže byly dokončeny v roce 1755. Vzniklo tak architektonicky vynikající dílo. Od roku 1751 vedl stavbu po Dietzenhoferovi smrti architekt Anselmo Lurago, který stavěl zejména budovy konventu. Jejich hrubá stavba byla dokončena v roce 1765. Dramatické události přinesla klášteru druhá polovina 20. století. V roce 1950 byl zrušen a přeměněn na věznici, později pak na vojenská kasárna. V roce 1961 zde pak byla umístěna dětská psychiatrická léčebna, která zde sídlila až do roku 1995. Klášter byl vrácen řádu sv. Augustina, avšak není příliš využitý. V současné době funguje víceméně jako sklad humanitární pomoci charity Praha. V těsném sousedství kláštera se nachází bývalý pivovar. Tradice vaření piva je doložena již od konce 14. století. Tehdy se však pivo vařilo přímo v konventu, až v roce 1699 se započalo se stavbou samostatného budovy pivovaru v severozápadním rohu klášterního dvora. V roce 1773 pak byl položen základní kámen k pivovaru na dnešním místě. Z této doby pochází barokní brána do dvora a štukový strop v přízemní místnosti hlavní budovy. Dnešní vzhled je výsledkem přestavby kolem roku 1880.

Jihlavské podzemí bylo zbudováno postupně od 14. do 16. století. Vzniklo spojením velkého množství jednotlivých úseků, městských sklepů. Mělo zejména hospodářský význam, k uchovávání potravin a skladování zboží, zejména piva a vína, na konci 14. století to bylo například sukno. Další význam byl vojenský, sloužící jako úkryt civilního obyvatelstva před nebezpečím a jako úkryt cenných předmětů. Také sloužilo k odvodnění a odkanalizování objektů na povrchu a to hlavně v pozdější době. Také se odsud z podzemí budovalo velké množství studní, jejich počet se odhaduje na 210, z nichž některé byly přístupné pouze z podzemí. Bohužel většina z nich je dnes zasypána a právě jejich zdroj je velkou příčinou zaplavení některých chodeb druhého a třetího patra. Odvětrávání bylo zajištěno různými komíny ústícími do ulic a náměstí. Tam byly kryty pozoruhodnými kamennými uzávěry. Hodně těchto uzávěrů však bylo odstraněno při rekonstrukci těchto ulic a náměstí, tím se v posledních letech podstatně zvýšila vlhkost v podzemí. Podzemí mělo také únikové chodby, jimiž bylo možné město opustit až za hradby, do dnešní doby se jich zachovalo v celé délce pět. V 17. století byly některé nestabilní úseky chodeb zpevňovány cihelnými pasy. Postupem času během 18. a 19. století opadával zájem o městské podzemí. Nejčastěji byla využívána sklepní část při domech, jejich majitelé pak chodby zazdívali. Zbytek pak sloužil už spíše jen jako kanalizace. Tento se pak postupem času zanášel, zaplavoval a propadával což postupně začalo ohrožovat město. Za druhé světové války byly sklepní prostory a některé chodby využívány jako protiletecké kryty. Až v roce 1957 byl zpřístupněn pro veřejnost zhruba 1 km chodeb. V 60. letech 20. století došlo právě pod vlivem propadání chodeb k betonové asanaci, která právě v nejvyšším patře poničila místy středověký ráz chodeb a sklepů. Roku 1969 byla zpřístupněná část uzavřena a otevřena opět až v roce 1991. Mezitím byla roku 1978 objevena svítící chodba, dnes nejvíc známá část jihlavského podzemí. Expertizou byl prokázán v tomto úseku na stěnách luminiscenční impregnační nátěr, který po nasvícení ve tmě zelenkavě světélkuje. Zřejmě pochází z doby druhé světové války, kdy podzemí sloužilo jako protiletecký kryt. Také hlavně díky výzkumu známého novináře Klímy, který zde natočil stín neznámé osoby. V těchto místech se také udává vstup do jiného prostoru, citlivý jedinci uvádějí při doteku na tomto místě nepříjemné pocity. Plocha jihlavského podzemí činí 50.000 m2, délka celého labyrintu 25 km a to ve třech patrech. To nejstarší nejméně hluboké se nachází v hloubce 1-4 m, druhé patro pak 4-7 m a třetí patro zhruba v hloubce 10-14 m. Nejhlubší objevená část dosahuje 22 m hloubky, ale tyto místa jsou trvale zatopena vodou. Teplota v chodbách se stabilně pohybuje v rozmezí 8-12 oC. Šířka chodeb má průměrně 2-2,5 m a výšku 1,8-2,6 m, jejich rozměry hodně ovlivňuje jestli jsou dodatečně zpevněny či ne. V současné době je podzemí veřejnosti přístupné, o to se stará sdružení Georgii Agricola, založené v roce 1999. Otevřeno bývá víceméně celoročně, vyjma měsíce ledna. V zimním období, ale spíše jen pro hromadné výpravy.

Nádrž dokončena v roce 1957 měla za úkol chránit před velkou vodou nedaleký lom na železnou rudu. Po několika letech byla činnost v lomu ukončena a v roce 1975 lom zatopen. Vodní nádrž tak ztratila svůj původní význam a dnes slouží k zajištění minimálního průtoku, ochraně před velkou vodou a k rekreaci. Hráz nádrže je sypaná zemní o délce 404 m a výšce 12,6 m. Celkový objem je 5,664 mil. m3 a zatopená plocha 128 ha. Vstup na hráz je zakázán.

Zastávka osobních lodí u ostrovu Kampa je využíván především pro výletní dopravu turistů.