Muzeum má charakter univerzitní sbírky a je rozděleno do dvou oddělení, na část muzeální (přístupnou veřejnosti) a depozitář (určený pro studijní a vědecké účely). V muzeu jsou umístěny přibližně čtyři tisíce exponátu, z nichž řada je unikátních, např. Hrdličkova sbírka odlitků obličejových masek a hlav severoamerických indiánu. Šebestova sbírka odlitků Pygmejů, frenologická sbírka a sbírka trepanovaných lebek. Nachází se zde i jedinečná sbírka věnovaná umělým deformacím u bolivijských indiánů či sbírka posmrtných masek předních českých osobností z oblasti vědy, kultury a politiky. Významná je též část věnovaná evoluci člověka, osteologická sbírka srovnávací anatomie, sbírka kostních patologií a oddíl věnovaný etnické antropologii. Za zmínku stojí také Foitova sbírka přibližující život a kulturu afrických kmenů a ukázky mumifikace přirozené i umělé (několik tisíc let staré mumie pocházející z Egypta).

Zbytek Prachatické brány se nachází na jihovýchodní straně centra města v dnešní ulici Prácheňská. Původně gotická brána pochází ze 13. století. Před ní se ještě nacházela v úrovni parkánu ještě jedna vnější brána, která byla zbořena v letech 1837-1861. Dnes je brána dochována jen v přízemní výšce s hrotitými portály. Nebyla zaklenuta, měla jen trámový strop.

Podhorní vrch (847 m.n.m.) se nachází asi 5 km severovýchodně od Mariánských Lázní. Vrchol je vulkanického původu a je tvořen čedičem, ve kterém zde bývají uvězněny žlutozelenošedé olivíny, velké krystaly nefelínu a některé další minerály. Podhora má dva vrcholy. Nepřístupnou Velkou Podhoru (847 m.n.m.) a Malou Podhoru (829 m.n.m.) na které se nachází vyhlídková plošina. V sedle mezi dvěma těmito vrcholy byla před druhou světovou válkou postavena výletní Hannakamova kavárna. Těšila se velkého zájmu lázeňských hostů a ve 30. letech 20. století se tu konaly i srazy německých spolků. Druhá světová válka sice přinesla pokles turistů, ale i tak si kavárna nemohla příliš stěžovat na nezájem hostů. Školili se zde dokonce záškodníci nacistické organizace Zeppelin k poválečné diverzní činnosti. Po osvobození pátrala po těchto záškodnících dokonce americká CIC. Dne 16.6.1945 přijeli dokonce na Podhoru aby něco o nich zjistili od majitele kavárny Adalberta Hannakama. Bohužel ho již našli spolu s manželkou a jejich služebnou zastřeleného. Pachateli byli zřejmě členové organizace Zeppelin. Po válce kavárna chátrala a později byla rozebrána na stavební materiál. Dochovaly se jen základy zdiva a sklepení. Na tomto místě dnes stojí 35 m vysoký vysílací stožár vybudovaný v roce 1980 ministerstvo vnitra, dnes slouží radioamatérům. Na vyhlídku vede v roce 1977 obnovené schodiště. Je odtud dobrý výhled na Krušné hory s vrcholem Klínovec, Doupovské hory, mohutný vrch Dyleň, vrchol Přimda se zříceninou hradu a celý hřeben Českého lesa s výrazným Čerchovem. Dále pak vrch Vladař, Branišovský vrch, vysílač Krašov a vrchol Krasíkova se zříceninou hradu. Na svahu hory se nachází opuštěný čedičový lom. Materiál odtud byl velmi kvalitní a používal se jako podklad silnic. V zimě 1968 došlo k havárii drtiče, z nedostatku peněz na opravu byl lom opuštěn a většina zařízení rozkradena. Také zde byly nalezeny olivíny.

Město Horažďovice bylo obehnáno hradbami již v polovině 13. století. Hradební pás dlouhý zhruba 1,3 km postupně tvořila hlavní hradební zeď, parkán, vnitřní hradba, za parkánem následoval příkop, místy široký až 14 m. Po pozdějším zpevnění měly hradby celkem 12 bašt. Vstup do města umožňovaly tři brány a jedna branka. Z hradeb se dochovala východní strana s poloválcovou věží, v severovýchodním ohybu dvojboce uzavřená bašta. Z bran se pak dochovala Pražská (Červená) brána, zbytek Prachatické brány a malá branka (Fortna). Třetí brána stojící na severovýchodní straně ke konci dnešní Ševčíkovy ulice zanikla někdy kolem poloviny 19. století. Součástí opevnění je zbytek branky (fortny) stojí mezi dnešní ulicí Podbranskou a Nábřežní.Malá branka vystavěná ve druhé polovině 13. století byla postavena za účelem přístupu k vodě k zásobování města a při požáru. Také tudy vedla cesta k mlýnu. V pozdější době byla před ní postavena ještě vnější branka vzdálená asi 11 m, zbořená v roce 1837. Původně byla branka malou věžovitou stavbou, dnes jde o půlkruhově zaklenutý průchod hradební zdí o šířce zdiva dvou metrů. Další objekty opevnění maji svá samostatná hesla.