O založení kostela není přesný údaj. První písemná zmínka je z let 1224-1225 kdy za Přemysla Otakara I. se uvádí, že v kostele Narození Panny Marie proběhlo zasvěcení rotundy právě této světici. Z této doby pochází i pečeť biskupa Pelhřima nalezená v roce 1865 ukrytá v původním oltáři. Nejmladší částí je sakristie na severní straně, přistavěná pravděpodobně v barokní době. Apsida je osvětlena třemi okny, upravenými goticky, původně obsahující malby na skle. V kostele se pak nacházely fresky, jež zanikly při jeho opravě roku 1865. Zachovaly se jen zbytky postav světců ve špaletách gotických oken. V podvěží pak byly restaurovány středověké fresky.

Bronzová socha sv. Jan Nepomuckého je nejznámější sochou Karlova mostu. Zhotovit jí v roce 1683 nechal svobodný pán Wunšvic za náklad 7000 zlatých. Na jejím vzniku se podílelo několik mistrů. Hliněnou skicu sochy vytvořil vídeňský sochař Matyáš Rauchmüller. Dřevěný model zhotovil v roce 1682 Jan Brokoff. Bronzový originál v roce 1683 v Norimberku odlil Wolfgang Jeroným Heroldt.Plastika znázorňuje světce s tradiční gloriolou s hvězdami. Je umístěna na trojdílném podstavci s reliéfy zachycujícími jeho příběh.

První zmínka o kostele je z roku 1291, původně byl zasvěcen Panně Marii. V roce 1421 vyhořel a následně ve 2. polovině 15. století byl upraven v pozdně gotickém slohu. V průběhu 16. století sloužil protestantům a tehdy zřejmě došlo ke změně zasvěcení na Povýšení sv. Kříže. V letech 1745-55 byl barokně přestavěn stavitelem Koschem. Po požáru v roce 1811 byla opět respektována jeho barokní podoba. Kostel má podobu jednolodní stavby s polygonálně uzavřeným presbytářem a doposud s částečně zachovaným gotickým zdivem. Hlavní bohatě zdobený oltář pochází z roku 1687 a přenesen sem byl v roce 1812 ze zrušeného kostela sv. Michala v Litoměřicích. Oltář je sloupové dílo s vysokým nástavcem a čtyřmi plastikami evangelistů.

Grafická sbírka Národní galerie obsahuje na 320 000 listů z období středověku až po současnost. Jejich kvalitou a množstvím s řadí mezi přední grafické kabinety v Evropě. Těžištěm staré grafiky jsou soubory německých, nizozemských, francouzských a italských rytců 16.-18. století.